Unter den vielen Auswahlmöglichkeiten sind diese fünf Flecken am häufigsten, beginnend mit Ethidiumbromid, das am häufigsten verwendet wird. Bei der Arbeit mit diesem Prozess ist es wichtig, nicht nur die Unterschiede zwischen den Flecken, sondern auch die inhärenten Gesundheitsrisiken zu kennen.
Ethidiumbromid ist wahrscheinlich der bekannteste Farbstoff zur Visualisierung von DNA. Es kann in der Gelmischung, dem Elektrophoresepuffer oder zum Färben des Gels nach dem Laufen verwendet werden.
Farbstoffmoleküle haften an DNA-Strängen und fluoreszieren unter UV-Licht. Dies zeigt Ihnen genau, wo sich die Banden im Gel befinden. Trotz seines Vorteils ist der Nachteil, dass Ethidiumbromid ein potenzielles Karzinogen ist, weshalb es mit großer Sorgfalt behandelt werden muss.
SYBR Gold-Farbstoff kann verwendet werden, um doppel- oder einzelsträngige DNA oder RNA zu färben. SYBR Gold kam als eine der ersten Alternativen zu Ethidiumbromid auf den Markt und gilt als empfindlicher.
Da die Fluoreszenz des ungebundenen Moleküls so gering ist, ist keine Entfärbung erforderlich. Molecular Probes, Lizenzinhaber, hat (seit der Einführung von SYBR Gold) auch SYBR Safe und SYBR Green entwickelt und vermarktet, die sicherere Alternativen zu Ethidiumbromid sind.
Die SYBR Green I- und II-Färbungen (ebenfalls von Molecular Probes vertrieben) sind für verschiedene Zwecke optimiert. Da sie an DNA binden, gelten sie immer noch als potenzielle Mutagene und sollten daher mit Vorsicht behandelt werden.
SYBR Green I ist mehr empfindlich zur Verwendung mit doppelsträngiger DNA, während SYBR Green II dagegen ist Beste zur Verwendung mit einzelsträngiger DNA oder RNA. Wie die beliebte Ethidiumbromid-Färbung fluoreszieren diese hochempfindlichen Flecken unter UV-Licht.
Sowohl SYBR Green I als auch SYBR Green I werden vom Hersteller zur Verwendung mit "254 nm Epi-Illumination Polaroid 667 schwarz und" empfohlen weißer Film und ein SYBR Green Gel-Färbe-Fotofilter "zum Nachweis von 100 pg RNA oder Einzelstrang-DNA pro Band.
SYBR Safe wurde als sicherere Alternative zu Ethidiumbromid und anderen SYBR-Flecken entwickelt. Es wird nicht als gefährlicher Abfall betrachtet und kann im Allgemeinen über die regulären Abwassersysteme (d. H. Den Abfluss hinunter) entsorgt werden, da Toxizitätstests anzeigen, dass keine akute Toxizität vorliegt.
Testen auch zeigt an Es gibt wenig oder keine Genotoxizität bei syrischen Hamsterembryo (SHE) -Zellen, menschlichen Lymphozyten, Maus-Lymphomzellen oder im AMES-Test festgestellten. Der Farbstoff kann mit einem Blaulicht-Transilluminator verwendet werden, der die sichtbare DNA weniger schädigt und eine bessere Effizienz für das spätere Klonen bietet.
Es ist auch eine gute Wahl, wenn Sie Gele mit niedrigem Schmelzpunkt zur Gewinnung von DNA verwenden. Es ist bei hohen Temperaturen sehr stabil und weist selbst eine sehr geringe Fluoreszenz auf, ist jedoch stark fluoreszierend, wenn es an DNA gebunden ist. Es wurde auch gezeigt, dass Eva Green eine sehr geringe oder keine Zytotoxizität aufweist oder Mutagenität.