In bestimmten Regionen wie Südindien hielten hinduistische Königreiche an der muslimischen Flut fest und drängten sie sogar zurück. Der Subkontinent war auch Invasionen berühmter zentralasiatischer Eroberer ausgesetzt Dschinghis Khan, der nicht muslimisch war, und Timur oder Tamerlane, wer war.
Diese Zeit war ein Vorläufer der Mogulzeit (1526–1857). Das Mogulreich wurde von Babur, einem muslimischen Prinzen aus Usbekistan, gegründet. Besonders unter späteren Moguln Akbar der GroßeDie muslimischen Kaiser und ihre hinduistischen Untertanen erreichten ein beispielloses Verständnis und schufen einen schönen und blühenden multikulturellen, multiethnischen und religiös vielfältigen Staat.
Im Jahr 1206 ein ehemaliger Mamluk Der Sklave Qutbubuddin Aibak eroberte Nordindien und gründete ein Königreich. Er nannte sich Sultan von Delhi. Aibak war ein zentralasiatischer türkischer Sprecher, ebenso wie die Gründer von drei der nächsten vier Sultanate in Delhi. Bis 1526 regierten insgesamt fünf Dynastien muslimischer Sultane einen Großteil Nordindiens
Babur aus Afghanistan herabgefegt, um die Mogul-Dynastie zu gründen.1221 floh der Sultan Jalal ad-Din Mingburnu aus seiner Hauptstadt Samarkand in Usbekistan. Sein Khwarezmid-Reich war den vorrückenden Armeen von Dschingis Khan zum Opfer gefallen, und sein Vater war getötet worden, sodass der neue Sultan nach Süden und Osten nach Indien floh. Am Indus im heutigen Pakistan haben die Mongolen Mingburnu und seine 50.000 verbliebenen Truppen gefangen. Die mongolische Armee war nur 30.000 Mann stark, aber sie drückte die Perser gegen das Flussufer und dezimierte sie. Es mag leicht sein, Mitleid mit dem Sultan zu haben, aber die Entscheidung seines Vaters, mongolische Gesandte zu ermorden, war der unmittelbare Funke dafür die mongolischen Eroberungen auslösen von Zentralasien und darüber hinaus in erster Linie.
Die Chola-Dynastie in Südindien hatte einen der längsten Läufe aller Dynastien in der Geschichte der Menschheit. Es wurde einige Zeit in den 300er Jahren vor Christus gegründet und dauerte bis zum Jahr 1250 n. Chr. Es gibt keine Aufzeichnungen über eine einzige entscheidende Schlacht; Vielmehr wuchs das benachbarte Pandyan-Reich einfach so stark an Stärke und Einfluss, dass es das alte Chola-Gemeinwesen überschattete und allmählich auslöschte. Diese hinduistischen Königreiche waren weit genug südlich, um dem Einfluss muslimischer Eroberer aus Zentralasien zu entkommen.
1290 fiel die Mamluk-Dynastie in Delhi, und die Khilji-Dynastie entstand an ihrer Stelle und wurde die zweite der fünf Familien, die das Sultanat Delhi regierten. Die Khilji-Dynastie blieb nur bis 1320 an der Macht.
Während ihrer kurzen 30-jährigen Regierungszeit wehrte die Khilji-Dynastie erfolgreich eine Reihe von Überfällen aus dem mongolischen Reich ab. Die letzte, entscheidende Schlacht, die die mongolischen Versuche beendete, Indien einzunehmen, war die Schlacht von Jalandhar in 1298, in dem die Khilji-Armee etwa 20.000 Mongolen schlachtete und die Überlebenden aus Indien vertrieb gut.
1320 übernahm eine neue Familie gemischten türkischen und indischen Blutes die Kontrolle über das Sultanat Delhi und begann die Zeit der Tughlaq-Dynastie. Die von Ghazi Malik gegründete Tughlaq-Dynastie dehnte sich nach Süden über das Deccan-Plateau aus und eroberte zum ersten Mal den größten Teil Südindiens. Diese territorialen Gewinne hielten jedoch nicht lange an. Bis 1335 war das Sultanat Delhi wieder in sein gewohntes Gebiet in Nordindien geschrumpft.
Interessanterweise diente der berühmte marokkanische Reisende Ibn Battuta als Qadi oder islamischer Richter am Hofe von Ghazi Malik, der den Thronnamen Ghyasuddin Tughlaq angenommen hatte. Er war von dem neuen Herrscher Indiens nicht besonders beeindruckt und bedauerte die verschiedenen Folterungen, gegen die er vorging Menschen, die keine Steuern zahlen konnten, einschließlich Augenausreißen oder geschmolzenes Blei, strömten über ihre Kehlen. Ibn Battuta war besonders entsetzt darüber, dass diese Schrecken sowohl gegen Muslime als auch gegen Ungläubige verübt wurden.
Als die Macht der Tughlaq in Südindien schnell nachließ, eilte ein neues hinduistisches Reich, um das Machtvakuum zu füllen. Das Vijayanagara-Reich würde mehr als dreihundert Jahre lang von Karnataka aus regieren. Es brachte Südindien eine beispiellose Einheit, die hauptsächlich auf der Solidarität der Hindus angesichts der wahrgenommenen muslimischen Bedrohung des Nordens beruhte.
Obwohl die Vijayanagara einen Großteil Südindiens vereinen konnten, verloren sie bald das fruchtbare Deccan-Plateau, das sich über die Taille des Subkontinents erstreckt, an ein neues muslimisches Sultanat. Das bahmanische Sultanat wurde von einem türkischen Rebellen gegen die Tughlaqs namens Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah gegründet. Er rang den Deccan vom Vijayanagara ab, und sein Sultanat blieb mehr als ein Jahrhundert lang stark. In den 1480er Jahren ging das bahmanische Sultanat jedoch in einen steilen Niedergang. Bis 1512 waren fünf kleinere Sultanate abgebrochen. Fünfzehn Jahre später war der zentralbahmanische Staat verschwunden. In unzähligen Schlachten und Gefechten gelang es den kleinen Nachfolgestaaten, die totale Niederlage des Vijayanagar-Reiches zu verhindern. 1686 jedoch der skrupellose Kaiser Aurengzeb der Moguln eroberten die letzten Überreste des bahmanischen Sultanats.
Das Madurai-Sultanat, auch bekannt als das Ma'bar-Sultanat, war eine weitere von Türken regierte Region, die sich aus dem Sultanat Delhi befreit hatte. Das Madurai-Sultanat im äußersten Süden von Tamil Nadu dauerte nur 48 Jahre, bevor es vom Vijayanagara-Königreich erobert wurde.
Das vierzehnte Jahrhundert des westlichen Kalenders endete für die Tughlaq-Dynastie des Sultanats Delhi in Blut und Chaos. Der blutrünstige Eroberer Timur, auch bekannt als Tamerlane, fiel in Nordindien ein und begann, die Städte der Tughlaqs nacheinander zu erobern. Die Bürger der betroffenen Städte wurden massakriert und ihre abgetrennten Köpfe in Pyramiden gestapelt. Im Dezember 1398 nahm Timur Delhi ein, plünderte die Stadt und schlachtete ihre Bewohner. Die Tughlaqs hielten bis 1414 an der Macht fest, aber ihre Hauptstadt erholte sich seit mehr als einem Jahrhundert nicht mehr vom Terror Timurs.