Die Aufbereitung von Ballastwasser mit der neuesten Technologie kann Standards mit einer Geschwindigkeit von 2500 Kubikmetern pro Stunde erfüllen. Ein großes Schiff kann noch mehrere Stunden pro Austausch benötigen, um seine Ballasttanks mit dieser Geschwindigkeit zu spülen.
Der erste, Ballastwasseraustausch, basiert auf festgelegten Entfernungen und Tiefen, in die ein Schiff entladen werden kann.
In einigen Bereichen werden Standards eingeführt, die über die IMO-Richtlinien hinausgehen. Sowohl Kalifornien als auch die Region der Großen Seen in den USA haben strenge lokale Richtlinien erlassen. Die USA sind eine von vielen großen Schifffahrtsnationen, die die Konvention nicht unterzeichnet haben.
Beim Ballastwasseraustausch spülen Schiffsbetreiber unbehandelten Ballast aus den Tanks. Dies ist eine praktische, wenn nicht perfekte Möglichkeit, älteren Schiffen den Betrieb ohne die Kosten und logistischen Probleme der Nachrüstung der Ballastwasseraufbereitung zu ermöglichen.
Neue und nachgerüstete Schiffe transportieren aufgrund des Ballastwassers viel seltener unerwünschte Arten Behandlungssysteme eliminieren zuvor einen großen Teil der lebensfähigen Organismen aus den Ballasttanks erfüllen.
Nach diesem Standard behandeltes Wasser gilt als rein genug, um in den meisten Häfen abgelassen zu werden. Diese Schritte zur Rückvermittlung von Ballastwasser sind nur bei der Entfernung unerwünschter Organismen wirksam. Es ist immer noch möglich, Giftstoffe wie Kupfer und Schwermetalle, die häufig in Häfen vorkommen, zu anderen Zielen im Ballastwasser zu transportieren, und diese Schadstoffe können sich im Sediment des Ballasttanks konzentrieren. Radioaktive Substanzen können auch in Ballast transportiert werden, aber schwerwiegende Fälle werden wahrscheinlich schnell vom Überwachungspersonal gefunden.